Istri
Franz Beckenbauer menikah tiga kali. Istri pertamanya adalah Brigitte yang dinikahinya pada tahun 1966. Beckenbauer dan Brigitte bercerai 24 tahun kemudian.
Baca Juga: Mengenal Daniel Mark Kirschen, Bule Warga AS Menantu Rizal Ramli, Apa Pekerjaannya?
Selanjutnya Beckenbauer menikah dengan Sybille tahun 1990, namun mereka bercerai pada tahun 2004.
Sampai akhir hayatnya Beckenbauer hidup bersama istri ketiganya, Heidi, seorang pengusaha desain interior yang sukses. Heidi diketahui memimpin perusahaan "HB28 Design". Beckenbauer dan Heidi menikah pada tahun 2006. Keduanya kemudian tinggal di Austria, tepatnya di Kota Salzburg.
Anak
Franz Beckenbauer memilika lima orang anak, empat laki-laki dan satu perempuan.
Putra pertamanya, Stephan, juga seorang pesepakbola profesional. Namun ia meninggal pada 31 Juli 2015, pada usia 46 tahun, setelah lama menderita sakit tumor otak.
Menurut The Sun, Stephan juga bermain untuk Bayern Munich di skuad cadangan mereka. Selama 11 tahun karirnya sebagai profesional, dia juga bermain untuk TSV 1860 Munchen, Kickers Offenbach, dan FC Grenchen. Sejak kematian Stephan, Beckenbauer sering sakit-sakitan. Ia beberapa kali masuk rumah sakit dan bahkan sempat dioperasi pinggul.
Putra Beckenbauer yang lainnya, Luca Beckenbauer juga pesepakbola profesional, bermain untuk SV Wacker Burghausen di Regionalliga Bayern.
Dua putra laki-laki Franz Beckenbauer lainnya adalah Thomas dan Michael. Sementara anak perempuan satu-satunya adalah Francessca yang lahir pada tahun 2000.